有一主一次两个原因。
主要原因是，石毅有一个自私狠毒的母亲石中天（石昊的祖父）在“百族战场”射杀了一只貔貅幼崽，遭到成年貔貅的追杀，身负重伤，侥幸逃命，下落不明。消息传回石国，石子陵（石昊的父亲）决定前往“百族战场”救父，秦怡宁不放心他，决定同往。二人把襁褓中的石昊交给族老以及石毅的母亲看顾，便离开了石国。文章源自玩技e族-https://www.playezu.com/96662.html
石毅用他的“重瞳”看出了石昊体内天生有至尊骨，将之告诉了自己的母亲。他的母亲找机会把至尊骨挖了出来，嫁接到石毅的体内。文章源自玩技e族-https://www.playezu.com/96662.html
当时的石毅多大？三岁！文章源自玩技e族-https://www.playezu.com/96662.html
挖石昊至尊骨，虽是石毅的母亲动手，但石毅告诉他母亲的时候，就已经知道了会发生什么，并且十分期待事情的发生。他的确是希望得到至尊骨的。这一点，书中已经说明。文章源自玩技e族-https://www.playezu.com/96662.html
但是，一个三岁的孩子，可以天生早慧，但不可能天生就这么有心机。他的本质并不十分坏，要不然后来不会为诸天万界而战，不会为了石昊献祭自己，他要至尊骨时的狠毒又是从何而来？文章源自玩技e族-https://www.playezu.com/96662.html
他的心机和狠毒，只能是后天学来。父母是孩子的第一任老师，石毅幼时的心性，与他的母亲何其相似？！文章源自玩技e族-https://www.playezu.com/96662.html
一个早慧的孩子，过早的被父母染成了黑色。他当时的内心，满是污浊。所以，当他看到石昊拥有天生至尊骨的时候，第一反应就是占为己有。文章源自玩技e族-https://www.playezu.com/96662.html
次要原因是，当时的石毅，根本不知道自己的眼睛有多牛《遮天》三部曲有两个基本的逻辑：“最适合自己的就是最好的”“依赖外物修行的人走不远”。文章源自玩技e族-https://www.playezu.com/96662.html
前者在《遮天》中体现的最为明显。譬如，《遮天》设定，修士们只有创出属于自己的“禁忌秘法”，才能长久驻足“神禁”领域。叶凡创出天帝拳后立马碾压年轻一代。文章源自玩技e族-https://www.playezu.com/96662.html
后者在三部曲里处处可见。无论是石昊、叶凡，还是楚风，都专注于开发“肉身宝藏”（楚风前期常吸花粉，但后期改了），不会把外物当成自己修行的根基（石昊走“以身为种”之路，拒绝融合种子；叶凡利用蟠桃种子里的“生之力”和“神鬼葬地”的“死之力”冲关，破境之后又将熔炼好了的“生之力”和“死之力”尽数散出；楚风对那些吸收诡异之力提升修为的人也很不屑）。文章源自玩技e族-https://www.playezu.com/96662.html
石毅的作为，恰恰把这两点都违背了。
石毅是天生重瞳，重瞳之路无疑最适合他。也就是说，他的最强之路，就是精修重瞳。把石昊的至尊骨嫁接到自己的体内，分心研究至尊骨，无疑是舍本逐末了。双石决战，若石毅不是用至尊骨对付石昊，还不一定会输呢。
“选择至尊骨，结果被活活克死，没真正展现出重瞳的最高奥义，毅儿死的冤啊！”石毅的叔伯恸哭。
后来，在灰衣重瞳女教导之下，石毅也知道自己走偏了，开始专注于重瞳。“重瞳已是无敌路，何须再借他人骨？”所以，石毅后来的修为才能突飞猛进。在《完美世界》后期，他成为了仙王巨头；在《圣墟》末期，他疑似成为了准仙帝。
综上，受父母影响的自私狠毒，以及不懂得真正的修行之道，只以为好东西越多越好，这两个原因共同促成了石毅谋害石昊的决定。