大运河自始建起，一个主要功能就是“运输皇粮”。国家组织官员从涉河省份征收米石，再沿大运河运送到交易枢纽北京通州，所以大运河又称漕河，所运米石又称"漕粮"。
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因为有元一代的大力改造，运河变得越来越直，明朝在此基础上又对运河进行了进一步疏通，大运河的水运价值迅速提升。大运河贯通后，为了确保其随时畅通，对运河航道的治理维护就变得越来越重要了。文章源自玩技e族-https://www.playezu.com/124106.html
景泰二年（1451年），明朝的漕运出现了问题，无法按时为京城运输漕粮。有鉴于此，中央决定设置漕运总督一职，专职管理漕运。文章源自玩技e族-https://www.playezu.com/124106.html
第一代漕运总督由当时的副都御使王竑兼任，治所在淮安。明代漕运总督的职责除了督促涉漕各省按时上缴运送漕粮到京城外，还要监管运河航道的治理维护。另外，漕运总督还有巡抚凤阳等地的权力。文章源自玩技e族-https://www.playezu.com/124106.html
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明成化七年（1471年）十月，鉴于运河河道淤塞，导致漕运受阻，朝廷便委任刑部左侍郎王恕兼任河道总督，驻地山东济宁，专职负责运河的治理维护。从此，漕运总督和河道总督共同管理运河事务。文章源自玩技e族-https://www.playezu.com/124106.html
不过，多数时间里，明代的漕运总督和河道总督都不是固定官职，只是有需要时他们才作为中央代表出京督漕或治河，带有一种临时派遣的性质。文章源自玩技e族-https://www.playezu.com/124106.html
到了清代，朝廷对京杭大运河愈发重视，管理也进一步加强。顺治元年，中央正式将漕运总督和河道总督纳入官制。两总督品秩皆为正二品，但这两个职位往往都由兵部侍郎或都察院副都御使兼任，所以漕运总督和河道总督多数时候都是从一品大员，与地方总督同一级别。二者官帽皆饰红宝石，蟒袍皆为九蟒五爪，补服皆饰仙鹤。文章源自玩技e族-https://www.playezu.com/124106.html
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但漕运总督和河道总督的收入并不是很高，每年的俸禄只有180两银，年养廉银稍微多点，大概在一万五千两到三万两之间。文章源自玩技e族-https://www.playezu.com/124106.html
漕运总督下设巡漕御史、管粮同知等官职，河道总督至乾隆以后，定为道、厅、汛三级管理机构，各级下设河道、通判等官职。两总督所辖军队分别称为漕标与河标。
有清一代，由于黄河泥沙堆积严重，导致泛滥频发，运河治理难度加大、任务艰巨。随之而来的变化是朝廷对河道总督一职愈发重视，河道总督权力上升，渐渐凌驾于漕运总督之上。
甚至有时河道总督可以代理漕运事务。但同时由于运河情况复杂，治理维护殊为不易，所以河道总督落马的风险系数也比漕运总督高。 到咸丰五年（1855年），由于黄河变道山东入海，导致大运河受阻严重，航运价值衰落，漕运总督和河道总督就自然没有存在的必要了，之后被陆续取消职位。